新规定加强渔船规范管理。实行以船长度为标准的渔船分类方法，将海洋渔船按船长分为3类：海洋大型渔船，船长大于或者等于24米；海洋中型渔船，船长大于或者等于12米且小于24米；海洋小型渔船，船长小于12米。进一步明确以底拖网禁渔区线为界进行渔船分区作业管理，禁渔区线内侧为小型渔船作业场所，海洋大中型渔船应在禁渔区线外侧作业，不得跨海区生产。强调了所有辅助船一律按照渔船管理，辅助船的审批均参照渔船审批手续执行。
新规定调整审批权限。在船网工具指标方面，海洋大中型捕捞渔船的船网工具指标审批以及海洋捕捞渔船跨省购置，由福建省海洋与渔业局负责审批，福州辖区内的海洋小型船网工具指标由福州市海洋与渔业局负责审批。在渔业捕捞许可证发放方面，海洋大型拖网、围网（24米以上含24米捕捞渔船的捕捞许可证核发，由福建省海洋与渔业局负责审批。
新规定强化信息公开，渔业主管部门要向社会公众公开、公示办理业务事项，推行全国一体化在线服务，实现渔船证书证件的申请、审核审批及发证等全国“一网通办”，凡在系统中能够查询到有效信息的材料，申请人可以不再提供纸质材料，取消在渔业捕捞许可证上手工贴附功率凭证的规定。
新规定规范属地管理责任，明确国内海洋大中型渔船的船网工具控制指标由农业农村部确定，海洋小型渔船的船网工具控制指标由省级政府确定。申请人在户籍所在地或法人登记地申请办理船网工具指标和捕捞许可证，企业法定代表人户籍所在地应与企业登记地一致。申请人在办理船网工具指标和捕捞许可证审批时，须提供申请人户口簿和所属渔业组织（渔业合作组织、渔社团/协会、村集体经济组织、村民委员会的意见。
新规定强化事中事后监管，对渔捞日志的内容、提交方式、违规处罚措施等作了具体规定，确保该制度的实施更具可操作性。新规定还建立失信惩戒制度，规定对失信申请人在办理船网工具指标和捕捞许可证的申请时，按规定予以限制。
