食品微生物(food microorganisms) 是与食品有关的微生物的总称。包括生产型食品微生物(醋酸杆菌，酵母菌等)和使食物变质(霉菌，细菌等)和食源性病原微生物(大肠杆菌，肉毒杆菌等)。食品微生物与人类关系紧密，对食品微生物的了解、利用、和防治在很早以前就有很大的进展了。人类对食品微生物的利用,起源很早。远在公元前16～前11世纪，中国就会利用微生物酿酒。古书曾记载有：“仪狄作酒，禹饮而甘之”。《商书》中也记载有：“若作酒醴，尔维曲;若作禾羹，尔维盐媒”。“曲”是用谷物培养霉菌等微生物制成，“”是发芽的谷物，如作啤酒的麦芽，“媒”是含有乳酸菌之类的菜卤。当时人们还不知道这是微生物的存在和作用。直到16世纪,荷兰人A.van列文虎克首次制成了放大200～300倍的显微镜后，才看到微生物。1857年，微生物学家L.巴斯德证实酒精的发酵过程由酵母引起，并经长期研究，奠定了微生物学的基础，解决了当时法国由于酒的变质给酿造业带来的重大损失问题，开创了巴斯德灭菌法(现称巴氏灭菌法)。这种灭菌方法至今仍应用于酒、醋、酱油、牛奶、果汁等食品的灭菌。20世纪以来，由于电子显微镜的发明，生物化学和化学分析技术等学科的发展，促进了微生物学从细胞水平、亚细胞水平进入分子水平。尤其是70年代遗传工程科学的发展，有力地推动了食品微生物学的发展。通过诱变、细胞融合等技术，选育出高产的发酵食品微生物优良菌株，可提高产量，改变食品工业的面貌。
分类
食品微生物无特殊的分类系统。按照微生物分类系统，可将与食品密切相关的微生物分为细菌、 酵母菌、 霉菌和病毒。由于微生物种类繁多，很多微生物的亲缘关系(根据生物的外部性状、内部结构、生活特性等加以确定)尚未清楚，所以尚不能完全按照亲缘关系进行分类。细菌有3种不同分类系统,即克拉西里尼科夫氏、伯杰氏和普雷沃氏分类系统。他们的通用分类单位命名法则和高等动植物一样，依次分为界、门、纲、目、科、属、种。种是分类的*基本单位。从某地区或某实验室分离到的菌种，称为菌株或品系。酵母菌为真菌的一部分，采用荷兰人洛德1952年发表的酵母分类系统分类。霉菌也为真菌的一部分，不同的真菌分类学者采用不同的霉菌分类系统，但在“纲”这一级分类意见都一致 .
食品类微生物检测：
食品类微生物检测具体是指细菌学检验，包括细菌病毒总数、大肠杆菌和病原体的检验。经典的方法有固体细胞培养液法(用于细菌病毒总数的检验)，液体细胞培养液发酵法(用于大肠杆菌的检验)
各种食品类，植物性、动物性原辅材料、生产加工产品、半生产加工产品，如粮食、油脂、调味料、肉食品、饮料、罐头、饼干、糖果类、酒水饮料、蔬菜、炒货、食用添加剂、农产品、儿童食品、豆制品、点心等。
菌落总数：
食品卫生安全标准规定:食品类微生物学检测菌落总数测定 GB 4789.2-2016.
大肠杆菌计数：
食品卫生安全标准规定:食品类微生物学检测大肠杆菌计数 GB 4789.3-2016.
沙门氏菌：
食品卫生安全标准规定:食品类微生物学检测沙门氏菌检测 GB 4789.4-2016 (不测血细胞分型)。
志贺氏菌：
食品卫生安全标准规定:食品类微生物学检测 志贺氏菌检测 GB 4789.5-2012.
副溶血性弧菌：
食品卫生安全标准规定:食品类微生物学检测副溶血性弧菌检测 GB 4789.7-2013 (不测血细胞分型)。
金黄色葡萄球菌 :
食品卫生安全标准规定:食品类微生物学检测金黄色葡萄球菌检测 GB 4789.10-2016.
溶血性链球菌：
食品卫生安全标准规定:食品类微生物学检测 β型溶血性链球菌检测GB4789.11-2014.
蜡状芽孢杆菌 :
食品卫生安全标准规定:食品类微生物学检测 蜡样芽孢杆菌检测 GB 4789.14-2014.
霉菌和酵母计数 :
食品卫生安全标准规定:食品类微生物学检测 霉菌和酵母计数 GB 4789.15-2016.
单核细胞增生李斯特氏菌 :
食品卫生安全标准规定:食品类微生物学检测单核细胞增生李斯特氏菌检测 GB 4789.30-2016.
乳酸菌 :
食品卫生安全标准规定: 食品类微生物学检测乳酸菌检测 GB 4789.35-2016.
大肠埃希氏菌计数 :
食品卫生安全标准规定:食品类微生物学检测 大肠埃希氏菌计数 GB 4789.38-2012.
大肠埃希氏菌O157:H7/NM :
食品卫生安全标准规定:食品类微生物学检测大肠埃希氏菌O157:H7/NM检测 GB 4789.36-2016.
调料检测 :
食品卫生安全微生物学检测 调料检测 GB/T 4789.22-2003.
糖果、点心、果脯加工检测 :
食品卫生安全微生物学检测 糖果、点心、蜜饯检测 GB/T 4789.24-2003.
酒类检测 :
食品卫生安全微生物学检测 酒类检测 GB/T 4789.25-2003.
